《敦煌吐鲁番研究》每年出版一卷，以刊登研究敦煌吐鲁番及相关地区出土文献的论文为主，内容包括历史、地理、艺术、考古、语言、文学、哲学、宗教、政治、法律、经济、社会等各方面的传统学术问题，兼及学术动态和书评。第十八卷为饶宗颐先生纪念专号，刊有敦煌吐鲁番学研究者关于敦煌、吐鲁番学的最新研究成果三十余篇，并刊有书评一篇，反映了敦煌学、吐鲁番学的最新研究动态。《敦煌吐鲁番研究》为敦煌、吐鲁番学研究的专业年刊，已持续出版到第十七卷，为国际性学术期刊，以追求学风严谨、创新有据为特色，倡导发表新史料、新书评和相关学术信息，内容丰富，学术价值较高。